A Superintendência de Planejamento, Orçamento, Finanças e Contabilidade (SUPPOFC) é a responsável por planejar, orientar, coordenar e controlar as finanças e orçamento da unidade gestora Seades e FEAS.

É dividida em duas gerências: GERFC e GERPO. A Gerência de Finanças e Contabilidade (GERFC) responde pela execução financeira e gestão contábil; já a Gerência de Planejamento e Orçamento (GERPO) faz a gestão de prestação de contas, elabora e acompanha a execução orçamentária e em conjunto com a SAS orienta a execução dos recursos repassados pelo Fundo.